Het bestuur van de stichting Islamitische School Amsterdam hanteert sinds 1 augustus 2011 het Raad van Beheer-model of One tier-boardmodel: Dit betekent dat het bestuur van de stichting bestaat het bestuur uit uitvoerende en toezichthoudende bestuurders. De functiescheiding heeft plaats binnen hetzelfde orgaan.
De directeur- bestuurder vormt het dagelijks bestuur. Stichting ISA beheert 3 basisscholen verdeeld over 4 locaties. Het voltallige bestuur bestuurt volgens het model „Code goed bestuur‟ dat in het primair onderwijs wordt gehanteerd. Het intern toezichthoudend orgaan hanteert naast een intern toezichtkader (ITK) een bestuurlijk toetsingskader (BTK) waarin richtinggevende uitspraken vastgelegd zijn over het beleid van de organisatie voor de komende vier jaar. Het bevat de onderwerpen waarover de directeur- bestuurder rapporteert aan de interne toezichthouders. Het bestuurlijk toetsingskader fungeert als kader voor de bestuurder bij het opstellen van (strategisch) beleid. Overeenkomstig het vastgestelde managementstatuut is bepaald welke verhoudingen en verantwoordelijkheden er zijn tussen die van het bestuur en die van het dagelijks bestuur en de schooldirecteuren.
Volgens de agenda van een planning en controle cyclus wordt gedurende het schooljaar de geëigende beleidstukken als begroting, formatie, jaarrekening, jaarverslag, schoolbeleid en andere schoolbestuurlijke zaken daarin aan de orde gesteld.
Hierbij is de (Gemeenschappelijke) Medezeggenschapsraad in het kader van het geven van advies en waar nodig instemming de personeelsgeleding, de eerste formele gesprekspartner.
Het onderwijskundig beleid is beschreven in het schoolplan. De school streeft goed onderwijs te geven aan alle kinderen dat past bij hun mogelijkheden en capaciteiten en naar zo min mogelijk verschillende leerkrachten per groep en zo klein mogelijke klassen.
Het Managementteam (MT)
Elke school heeft een managementteam (MT), bestaande uit de schooldirecteur, de interne begeleider(s) en de bouwcoördinatoren.